つまづいて、試行錯誤で何とかなったので半分自分のメモ用。この設定を行うとコミットメッセージなどで秀丸エディタを使用して編集できるようになります。
gitでgit commitなんかをすると普通だとエディタが立ち上がらないのでエラーになりますが、ホームディレクトリ（Vistaだとc:\users\[username]\、XPだとc:\documents and settings\[username]）にある.gitconfigファイルの表記を以下のようにすると解決できます。
尚、[core]セクションがすでに存在する場合は、そのセクションに追記してください。尚、msysgitにおけるものですので、もしかするとCygwin版ではだめだと思います。（秀丸をインストールしてある場所が違う場合は各自変更してください。）
[core]
editor = ‘/c/program files/hidemaru/hidemaru.exe’ //fu8
//fu8は秀丸でUTF-8モードを強制する/fu8をコマンドラインに入れるためのものです。これがないとShift-JISで立ち上がるので、日本語入力したりすると化けます。
尚、git commit -mで日本語文字列入れてもばけるので注意。（同一環境内では化けないかもしれませんが、他ではほぼ確実に化けます。）
これで、エディタを必要とするgitにおける各種編集が使用できるようになります。
尚、この設定はコマンドラインで以下のように打ち込んでも可能です。
git config –global core.editor “‘/c/program files/hidemaru/hidemaru.exe’ //fu8”
こっちの方が楽ですね。