ToHeart2 AnotherDaysのセーブデータですが確認してみると、Vistaの場合はC:\Users\[username]\Documents\Leafに入っています。
XPの場合は多分C:\Documents and Settings\[username]\My Documents\Leafでしょう。
その他の場合はわかりません。
再フォーマット時はその中のデータを保存しておけばＯＫです。前作（ToHeart2 XRATED）みたいにProgram Filesに置かなかったのはVistaのUAC対応のためかと思われます。この変更のため、本作ではユーザーごとにことなったセーブデータになります。
あと、本作がDirect3D使ってるっぽいのはVistaがWindowsコンポジションが動いているときはオーバーレイに対応しないからかな、と勘ぐってみたり。